Не удается преобразовать тип IEnumerable в ObservableCollection. Вам не хватает приведения?

ObservableCollection<T> имеет перегруженный конструктор, который принимает IEnumerable<T> в качестве параметра. Предполагая, что ваш оператор Linq возвращает набор из MasterPartsList элементов:

public ObservableCollection<MasterPartsList> ParentAssemblyBOM
{
    get 
    {
        var enumerable = this._parentAssemblyBOM
                             .Where(parent => parent.isAssy == true);

        return new ObservableCollection<MasterPartsList>(enumerable); 
    }
}

Вы должны явно создать ObservableCollection, что проще всего:

public ObservableCollection<MasterPartsList> ParentAssemblyBOM
{
    get {return new ObservableCollection<MasterPartsList>(this._parentAssemblyBOM.Where(parent => parent.isAssy == true)); }
}

Это потенциально неэффективно, поскольку вы каждый раз создаете новую коллекцию. Однако это может быть самым простым решением, если вы каждый раз возвращаете совершенно разные наборы данных. В противном случае вам придется перебирать коллекцию, удаляя элементы, которых больше нет в возвращаемом наборе, и добавляя новые элементы.