В dot вы можете определить кластеры, которые в основном представляют собой блоки вокруг группы узлов. (1)
Можно ли определить кластер таким образом, чтобы он отображался внутри другого кластера (блок внутри блока)?
(1) См. также Подграфы и кластеры на http://www.graphviz.org/content/dot-language