Может ли Spring Framework переопределить конфигурацию на основе аннотаций конфигурацией на основе XML?

Это должно быть в порядке. Контекст bean-компонента Spring позволяет переопределять bean-компоненты, при этом «более поздние» определения переопределяют «более ранние». Это должно применяться к компонентам, определенным XML, а также к компонентам, определенным аннотациями, даже если они смешаны.

Например, если у вас есть

@Configuration
public class MyAnnotatedConfig {
   @Bean 
   public Object beanA() {
      ...
   }
}

<bean class="com.xyz.MyAnnotatedConfig"/>

<bean id="beanA" class="com.xyz.BeanA"/>

В этом случае XML-определение beanA должно иметь приоритет.

я не знал, что Spring может смешивать конфигурации. вот подробный и очень полезный пример.

Bean1 — это фактический bean-компонент, который мы настраиваем.

package spring;

import javax.annotation.PostConstruct;
import javax.annotation.PreDestroy;

import org.springframework.beans.factory.annotation.Autowired;
import org.springframework.beans.factory.annotation.Qualifier;
import org.springframework.stereotype.Component;

@Component
public class Bean1 {

    private String naber;

    @Autowired
    @Qualifier("FireImpl1")
    private Fire fire;

    @PostConstruct
    public void init() {
        System.out.println("init");
        getFire().fire();
    }

    @PreDestroy
    public void destroy() {
        System.out.println("destroy");
    }

    public void setNaber(String naber) {
        this.naber = naber;
    }

    public String getNaber() {
        return naber;
    }

    public void setFire(Fire fire) {
        this.fire = fire;
    }

    public Fire getFire() {
        return fire;
    }
}

Fire — это интерфейс зависимостей

package spring;

public interface Fire {

    public void fire();
}

и фиктивная реализация 1

package spring;

import org.springframework.beans.factory.annotation.Qualifier;
import org.springframework.stereotype.Component;

@Component
@Qualifier("FireImpl1")
public class FireImpl1 implements Fire {

    public void fire() {
        System.out.println(getClass());
    }
}

и фиктивная реализация 2

package spring;

import org.springframework.beans.factory.annotation.Qualifier;
import org.springframework.stereotype.Component;

@Component
@Qualifier("FireImpl2")
public class FireImpl2 implements Fire {

    public void fire() {
        System.out.println(getClass());
    }
}

config.xml

<beans xmlns="http://www.springframework.org/schema/beans" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
    xmlns:p="http://www.springframework.org/schema/p" xmlns:aop="http://www.springframework.org/schema/aop"
    xmlns:context="http://www.springframework.org/schema/context" xmlns:jee="http://www.springframework.org/schema/jee"
    xmlns:tx="http://www.springframework.org/schema/tx"
    xsi:schemaLocation="
            http://www.springframework.org/schema/aop http://www.springframework.org/schema/aop/spring-aop-2.5.xsd
            http://www.springframework.org/schema/beans http://www.springframework.org/schema/beans/spring-beans-2.5.xsd
            http://www.springframework.org/schema/context http://www.springframework.org/schema/context/spring-context-2.5.xsd
            http://www.springframework.org/schema/jee http://www.springframework.org/schema/jee/spring-jee-2.5.xsd
            http://www.springframework.org/schema/tx http://www.springframework.org/schema/tx/spring-tx-2.5.xsd">
    <context:component-scan base-package="spring" />
    <bean id="bean1" class="spring.Bean1">
        <property name="naber" value="nice" />
        <property name="fire" ref="fireImpl2" />
    </bean>
</beans>

и основной класс

package spring;

import org.springframework.context.support.ClassPathXmlApplicationContext;

public class Spring {

    public static void main(String[] args) {

        ClassPathXmlApplicationContext applicationContext = new ClassPathXmlApplicationContext("/spring/config.xml");
        applicationContext.registerShutdownHook();
        Bean1 bean = (Bean1) applicationContext.getBean("bean1");
        System.out.println(bean.getNaber());
    }
}

вот результат

init
class spring.FireImpl2
nice
destroy

Хотя аннотация разрешает зависимость от FireImpl1, конфигурация xml переопределяет FireImpl2. очень хорошо.