Я использую imageJ для автоматической микроскопии живых клеток.
Микроскоп центрирует предметный столик на нужной ячейке, берет Z-стек и передает этот стек на изображение J.
Затем я хочу использовать Analyze Particles для вывода площади ячейки в каждом Z-срезе. (это хорошо работает)
Для этого я использую макрос, который выполняет следующие действия:
- Выбирается регион.
- Выбранный стек регионов дублируется
- стек определяется автоматически.
- Анализ частиц выполняется для стека (с исключением объектов на границе)
- результат максимальной площади найден
- соответствующий z-срез печатается в файл для дальнейшей работы.
Все это работает хорошо, за исключением того, что повторяющийся шаг слишком медленный для конвейера. Мне нужно как-то избежать шага дублирования.
Есть ли способ обрезать стек без предварительного дублирования? (в настоящее время теряется информация из всех срезов, кроме одного)
Или я могу применить порог и анализировать частицы только для выбранной области?
